提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
(文图:赵筱尘 巫邓炎)
[责编:天天中]
阅读剩余全文()
视觉焦点
官方曝光红米骁龙855旗舰 升降式摄像...
洪欣在张丹峰风波后首现身
推荐阅读
开心彩票美国麻疹疫情蔓延 洛杉矶两所大学逾900人隔离
2024-05-07
开心彩票金毛直立行走爬楼梯引争议 网友:主人太无知
2024-07-06
开心彩票华润三九逆势涨停,三机构席位抛售逾四千万元
2023-12-09
开心彩票 一万多果粉亲测推荐:苹果开了一个“售后快速处理通道”
2024-06-17
开心彩票世园会开幕!请收好攻略
2024-04-25
开心彩票习近平在第二届“一带一路”国际合作高峰论坛欢迎宴会上致辞
2024-03-04
开心彩票英超-冠军在望!阿圭罗破门 曼城1-0伯恩利返榜首
2024-02-14
开心彩票北宋隐居大儒影响中国千年
2024-04-16
开心彩票 常德杀害滴滴司机大学生被诊抑郁症 有限定刑事责任能力
2023-10-06
开心彩票北京西城幼升小片区内登记入学 取消“多校划片”
2024-02-28
开心彩票金毛直立行走爬楼梯引争议 网友:主人太无知
2023-10-30
开心彩票苏州高新:立足高新,转型升级,经营绩效持续实现新突破
2024-06-07
开心彩票交通运输部:取消高速公路省界收费站方案将出台
2023-10-12
开心彩票志愿怎么报?专家教你一招致胜
2023-09-24
开心彩票低调又时髦,这才是男人眼中的男人
2024-03-13
开心彩票《POP/STAR》MV海外点击量超越S4主题曲
2024-07-06
开心彩票 周鹏:新疆给我们上了一课 到客场忘记比分从零开始
2024-01-26
开心彩票 促销导致网站挂了?亚马逊中国官网、APP、小程序无法打开
2024-03-03
开心彩票教育部直属高校预算财政拨款
2024-03-21
开心彩票世园会创意视频:园-圆
2023-08-16
开心彩票 昌平临铁限竞获施工证
2024-01-08
开心彩票 中安资产公司“四送一服”化解无为电线电缆产业风险
2023-09-17
开心彩票 2019年第25届沃尔沃中国公开赛
2024-04-11
加载更多![](/t2/images/1.gif)
开心彩票地图